Tauragės Jovarų (buvusi penkta) vidurinė mokykla pradėta statyti 1978 metais rugpjūčio 1 dieną. Naujai pastatytoje mokykloje mokslo metai prasidėjo 1979 metų spalio mėnesį. Mokytojus ir mokinius pasitiko 40 naujų kabinetų, sporto ir aktų salės, valgykla, biblioteka ir sporto aikštynas. Pirmuosius 1979 – 1980 mokslo metus šioje mokykloje pradėjo 46 pedagogai, mokėsi 1053 mokiniai.
Pirmuoju mokyklos direktoriumi tapo Valentinas Pocevičius. Jis mokyklai vadovavo iki 1984 metų. Nuo 1984 metų iki 1988 metų direktoriavo Algirdas Medeikis, vėliau mokyklai vadovavo Eugenijus Šaltis, o nuo 1993 metų iki 2022 metų – Algimantas Kaminskis.
Šiuo metu mokyklai vadovauja direktorė Janina Pukelienė.
1996 metų lapkričio 1d. mokyklos pavadinimas iš „Penktos vidurinės mokyklos” buvo pakeistas į „Jovarų pagrindinę mokyklą”.
2008 – 2009 mokslo metus Jovarų mokykla pradeda kaip pagrindinio ugdymo institucija.